Covid-19 : une étude sur les chauves-souris au Zimbabwe

Lancée par le Cirad, l’IRD et l’université du Zimbabwe, cette étude vise à mieux comprendre les interactions entre les humains et la faune sauvage pour un meilleur contrôle de la maladie.

« Nous cherchons à mieux comprendre les interactions entre humains, bétails et faune sauvage au Zimbabwe. Pour cela, nous utilisons l’approche “Une seule santé”, et nous travaillons de concert avec nos partenaires zimbabwéens pour étudier les mécanismes de circulation et d’émergence des coronavirus et autres virus en Afrique, afin de quantifier les risques sanitaires et de prévenir les prochaines épidémies. »

C’est ainsi que Mathieu Bourgarel, chercheur au Cirad et spécialiste des chauves-souris, justifie l’étude en cours destinée, en définitive, à mieux contrôler la pandémie de coronavirus.

Concrètement, l’équipe de recherche collecte des échantillons biologiques sur les chiroptères et rongeurs – ces espèces sauvages servent de réservoirs à certains virus –, puis effectue des analyses virologiques et sérologiques. Il y a quelques mois, les chercheurs zimbabwéens et français ont identifié différents types de coronavirus au sein de deux colonies de chauves-souris insectivores et cavernicoles dans les districts de Kwekwe et Hurungwe, au Centre et au Nord du pays.

« L’habitat de ces colonies de chauves-souris est fréquemment visité par la population locale qui récolte le guano pour fertiliser ses cultures, explique le D^r Elizabeth Gori, spécialiste en biochimie vétérinaire et en biologie moléculaire à l’université du Zimbabwe. Il est donc primordial de connaître les pathogènes portés par ces chauves-souris, car ils pourraient être transmis à l’homme. » Les chercheurs concèdent que la pandémie actuelle est « notamment liée à la réduction de l’habitat des animaux sauvages ».

Mieux réagir lors d’une prochaine épidémie

Une fois qu’ils les ont extraits des fèces de chauves-souris, les scientifiques procèdent au séquençage de la signature génétique du virus, son ARN. « Si nous connaissons mieux les caractéristiques de ces virus, nous serons en capacité de mieux réagir, grâce à des diagnostics rapides et adaptés aux souches connues, précise le D^r Florian Liégeois, virologue à l’IRD et porteur du projet. On prépare en quelque sorte une boîte à outils en cas de transmission de nouveau coronavirus à l’homme. »

En complément, les chercheurs prévoient de collecter de nouveaux échantillons de fèces, de salive et de sang chez ces mêmes chauves-souris. Objectif : mieux appréhender la diversité génétique des coronavirus et apprécier leur prévalence chez ces populations. « Toutes ces activités de recherche et de formation, lancées dans le cadre du projet FSPI-CAZCOM financé par le ministère de l’Europe et des Affaires étrangères, visent à accroître l’autonomie du Zimbabwe dans la lutte contre les maladies animales d’importance et les maladies zoonotiques, telles que le Covid-19 », poursuit Mathieu Bourgarel.

Ce nouveau projet, financé par Montpellier Université d’Excellence et mené à Harare, complète un projet international intitulé « Prévalence, diversité génétique et distribution géographique des coronavirus chez les chauves-souris sauvages afin d’évaluer le risque pour de futures transmissions zoonotiques ». Il est financé par l’ANRS et porte sur la génétique des coronavirus véhiculés par les chauves-souris au Zimbabwe, en Guinée, au Cameroun et en République démocratique du Congo.